Microsoft AzureでSQL Server(Virtual Machines)を使用すると、既定のインスタンスとしてインストールが完了している。
インストール前に名前付きインスタンスを指定することはできそうもない。
名前付きインスタンスでSQL Serverをインストールするには、一度、SQL Serverをアンインストールして再インストールする必要がありそうだ。


以下のFAQに機能の追加やインスタンスの追加はCドライブにあるメディアを使って行うことが許可されている。

SQL Server on Azure Virtual Machines FAQ
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/virtual-machines/windows/sql/virtual-machines-windows-sql-server-iaas-faq

4.Can I change the installed features or install a second instance of SQL Server on the same VM?
Yes. The SQL Server installation media is located in a folder on the C drive. Run Setup.exe from that location to add new SQL Server instances or to change other installed features of SQL Server on the machine.



また以下では英語版のSQL Serverを一度、アンインストールして、
日本語SQL Server評価版をインストールし、ライセンスキーだけAzureのキーを適用する方法が紹介されている。

AzureのSQL Server VMイメージの日本語化
https://satonaoki.wordpress.com/2016/02/03/azure-sql-server-vm-japanese/


上記、2つの記事から考えるに一度、アンインストールして、再インストールすることは問題ないはず。
確認は取っていないので、実際に行う際は自己責任でお願いします。

同じやり方で照合順序も変更可能。